Bratislava está situada en la zona templada y tiene un clima continental con cuatro estaciones. Con una marcada variación entre los veranos cálidos y los inviernos fríos y húmedos, la ciudad es una de las más cálidas y secas de Eslovaquia.[48] En los últimos años, la transición del verano al invierno y del invierno al verano esta siendo rápida, con cortos períodos de otoño y primavera. La nieve se produce cada año con menor frecuencia.[49] Algunas partes de Bratislava, en particular Devín y Devínska Nová Ves, son vulnerables a las inundaciones de los ríos Morava y Danubio. Por esta razón se está construyendo una nueva protección contra las inundaciones en ambas orillas.